chore: 隐藏.hermes目录、删除docker-compose.embed.yml、优化CLAUDE.md和README.md

- .gitignore 新增 .hermes/ 目录，git rm --cached 已追踪的 plan 文件
- 删除 docker-compose.embed.yml（embed 部署统一走 K8s 或独立二进制）
- Makefile 移除 docker-embed 目标
- CLAUDE.md 全面重写：三种部署方式详解、技术栈修正(Go1.24+MySQL/Redis)、架构完善、新增工具懒加载/凭证v2/远程执行/流水线/PTY终端等章节
- README.md 重写：三种部署快速开始、项目结构对齐实际目录、核心功能更新

.gitignore

@@ -56,3 +56,6 @@ agent/bin/
 
 # embed 模式临时目录（前端构建产物，编译后清理）
 backend/cmd/static/
+
+# Hermes agent config (personal, not project）
+.hermes/